在各个战区中都编制了一支主力舰队以及数支巡防舰队。而舰队名称则与战区名称相同。比如西太平洋战区所属的舰队就为西太平洋舰队。各舰队设置舰队司令官一名（在战争初期舰队司令官与战区司令官基本上是由同一人担任）具体负责舰队作战行动具有实际的舰队指挥大权。而舰队司令官将直接向海军参谋部直接负责。

另外各战区下设各基地司令部基地司令部设基地司令一名这些基地司令直接向战区司令负责而不需要向海军司令部负责。战区司令可以在战区权限范围之内安排基地司令官也就是说战区司令官具备了部分人事大权。

同时聂人凤还对海军司令部的结构做了调整。海军参谋部得以保留不过其主要任务是协调各战区的作战行动以及配合行动另外负责协调各舰队的行动。因为各战区的舰队并不固定比如某舰队在西太平洋战区执行作战任务即为西太平洋舰队如果后来前往印度洋执行任务则为印度洋舰队（这是在战争中期单独设置战区司令的一个重要原因）。因此海军参谋部的主要职责就是协调各舰队的行动。

海军司令部还另外设置战略处。战略处的主要工作就是制订海军的战略计划以让各战区司令部舰队配合完成战略计划。设置情报处主要负责处理情报并且直接向各战区司令部舰队提供情报支援。后勤部降级为后勤处负责为海军筹备战争物资并且为各战区舰队调配战争物资。人事部降级为人事处主要负责新兵新军官的安置与分配工作。装备展处主要负责监督海军舰艇战机以及弹药等等装备的制造与研制工作。

可以说聂人凤完全是按照战时体制对海军进行了一次全面改组。新的海军体系的任务就是将海军的战斗力都挥出来战胜敌人并且取得最后的胜利。而这其中最大的亮点还是新的舰队编制体系。

新的舰队编制中已经直接取消了以战列舰等主力战舰为核心的体制舰队的基本组成是各类型的编队比如航母编队战列舰编队巡洋舰编队驱逐舰编队等。而舰队司令官可以根据实际的情况从这些编队中挑选某些编队或者是某些战舰组成特混舰队然后以特混舰队的方式执行作战行动。比如西太平洋舰队可以编制第一特混舰队而在第一特混舰队中可以出现航母编队战列舰编队巡洋舰编队驱逐舰编队等。而特混舰队的指挥大权直接由舰队司令官掌握或者是由舰队司令官任命其他人员为特混舰队司令官由其指挥特混舰队执行作战任务。

在这个新的舰队指挥体系中舰队司令官的权限在某些方面得到了加强不过在某些方面也被削弱了。而为了平衡权力舰队司令官仍然是中将特混舰队司令官是少将或者准将而各编队司令官为准将。新的舰队编制体系的一个重要特点就是各舰队可以根据实际的情况来灵活配置舰队的战斗力以期用最小的代价获得最大的胜利。这要比之前的旧式舰队体系先进得多。