但每一场改革，必定会损害一部分人的利益。宋骁飞实行训政，损害的，首先是北洋军官的利益。驻扎在四川的第三师师长曹锟等人对宋骁飞提倡文官法治、削弱都督的权力心怀不满，他又是宋骁飞的老部下，地方的警察很难将曹锟的一万新军限制在军营里。

有一次，曹锟手下的一个团长叫李兴，带着两个心腹去青楼喝花酒，不给钱不说，还动手打了陪他们的姑娘，结果青楼的老妈子叫护院把他们打了一顿。李兴大怒，当即赶回军营带兵把青楼给砸了。当时青楼也还是合法生意，当地警察局局长带着四个警察局赶到，李兴等人将警察也打了，容蓉的《强国报》披露这件事后，全国的舆论哗然，纷纷要求曹锟辞职。

当时，根据日本与八国签订的停战条约，日本解散了海军和陆军，中国依照日本投降的条款，派兵保护日本，宋骁飞便任命曹锟为驻日陆军的总司令，将曹锟的第三师一万人马全部调往日本。

曹锟到日本之前，因管束手下不严，被宋骁飞劈头盖脸骂了一顿，感觉心里很憋屈，想找地方出出气。曹锟到东京后，按照他自己的想法，俨然把自己当成了日本的“太上皇”，一到日本，安顿好驻军，曹锟就决定杀杀日本人的威风，好让他们服从自己的意志。在一个黄昏，曹锟带着五百新军，携带最新锐的gew.98毛瑟步枪、马克沁机枪、过山炮和克虏伯快炮，包围了位于日本东京都千代田区九段坂的靖国神社。

靖国神社的前身叫东京招魂社。自1853年，美国海军准将佩里要求日本开港后，日本国内形成了两大对立派，即以日本天皇为中心的朝廷方和德川幕府。幕府无视朝廷的命令，因此尊王派长州藩和萨摩藩便展开了打倒幕府的内战。1868年6月28日，在明治天皇的旨意下为了“慰灵”和“显彰”在内战中阵亡的3588名军人建立了东京招魂社。1879年，根据日本军部的要求，东京招魂社改名为靖国神社，“靖国”二字，来自左传僖公二十三年“吾以靖国也”，意为使国家安定，可见小日本受中国文化影响有多大。在日本，靖国神社是国家神道的象征，每年四月和十月，日本皇室都会到此组织祭祀，可见靖国神社在日本的地位极其特殊。

靖国神社大都是木质建筑，其守护者车源太郎和小田多喜二连滚带爬跑出来，抱着曹锟的马腿痛哭求中国军队不要毁坏靖国神社，曹锟横眉冷对，对身后的军士下令，“来人，抱材火，给我一把火全烧了！”五十个新军每人抱了一捆柴火，堆在靖国神社的四周，浇上了煤油。当是已经是秋天，冷风在耳边呼呼响，曹锟下令点火。

傍晚，这场大火从靖国神社大门开始，借着风势，蔓延到神社里面。当时天干物燥，神社里的木质房子和干枯的树木跟浇了松油似的，沾火星就着。到了下半夜，远处的天际，已经可以看见一片红光。位于中心地带的游就馆也着火了。

火红炙热的火苗噼里啪啦，窜起几丈高，屏风、门窗、楼梯都被熊熊的火焰包围，1893年建立的大村益次郎铜像都热融了，靖国神社里的牌位、祭器、仪仗等都在大火中被烧成灰烬，粗大的楠木柱子烧成了黑炭，残垣断壁随处可见。

被宋骁飞派来协助和监督曹锟的吴佩孚赶到大火现场时，这座历史上臭名昭著的神社，已经毁于一旦，成为一片焦土，吴佩孚惊呼：“曹大帅，这下你闯大祸了！”